Нөгөө талаас, шүүх засаглалын хараат бус байдал, шударга ажиллагааны асуудал ч анхаарал татаж байна. УИХ, Засгийн газар нь шүүгч, прокурорыг томилж баталгаажуулдаг ч тэдний үйл ажиллагаанд бодитоор хяналт тавьж чаддаггүй. Тиймээс шүүх засаглалыг хэрхэн зөв голдиролд нь оруулах, авлига хээл хахуулиас ангид байлгах, аливаа хэргийг үнэн зөв, шударгаар шийдвэрлэх тогтолцоог бий болгох нь нэн чухал.